Il débute sa carrière cinématographique en 1965 comme assistant de Bernard Borderie sur un film de la série Angélique et de Marguerite Duras.

Il a été le compagnon de Dominique Sanda et de Judith Godrèche lorsque celle-ci, à 15 ans, a quitté le domicile familial pour venir habiter avec lui. A propos de cette liaison, Jacquot déclare : « Je venais de finir Les Mendiants, que je considérais comme un ratage. Judith Godrèche, une tornade, a décidé de façon très téméraire et très amoureuse de me sauver. Elle m'a amené à réaliser un deuxième premier film. Elle a sauvé ma vie cinématographique en se proposant comme clé ».

Avec l'actrice Anne Consigny, Benoît Jacquot a eu un fils devenu acteur, le jeune Vladimir Consigny auquel il a offert son premier rôle dans un téléfilm Gaspard le bandit sur la vie du « Robin des Bois provençal » Gaspard de Besse, diffusé sur Arte en 2007.

Benoît Jacquot est membre de L'Exception, un groupe de réflexion sur le cinéma. Il a été président du jury du concours d'entrée de la Fémis en 2003 et membre du jury au Festival de Cannes, alors présidé par Emir Kusturica, en 2005.