Lila (Patricia Arquette), une naturaliste à la pilosité abondante, et Nathan (Tim Robbins), un scientifique obsédé par les bonnes manières, ont perdu foi en la race humaine. Elle a trouvé le repos en allant vivre dans la jungle et en s'entourant d'animaux. Lui mène des expériences sur des souris en espérant rendre les hommes meilleurs. Sur leur route, ils font la connaissance de Puff (Rhys Ifans), un homme-singe recueilli dans la jungle, et tentent de l'éduquer. Mais Lila va se battre pour préserver l'âme vierge et innocente de cet individu hors norme.