Le film commence par une introduction concernant l'histoire des dieux. Aux premiers temps du monde, les dieux de l'Olympe supplantèrent leurs créateurs, les Titans, grâce à l'aide du kraken créée par Hadès. Zeus, Poséidon et Hadès se partagèrent alors le monde, et Hadès, trompé par Zeus, fut relégué dans le monde souterrain.
On découvre ensuite Persée et sa mère Danaé, enfermés dans un coffre et jetés à la mer par Acrisios (qui, dans cette version de l'histoire, est le mari de Danaé). Persée est recueilli par un pêcheur, Spyros, qui l'élève comme son fils. Des années plus tard, Spyros et sa famille, dont Persée adulte, sont en train de pêcher lorsqu'ils aperçoivent des soldats d'Argos en train de détruire une statue colossale de Zeus : cet acte de provocation revient à déclarer la guerre aux dieux. Soudain, Hadès se manifeste et envoie des Harpies contre les soldats. Le navire de Spyros, heurté par Hadès, chavire. Persée, seul survivant, jure de se venger du dieu. Échoué à Argos, Persée est fait prisonnier par les soldats du roi Cépheus et de la reine Cassiopée, tous deux impies et orgueilleux. Cassiopée compare la beauté de sa fille Andromède à celle d'Aphrodite elle-même. Soudain Hadès apparaît et tue les soldats du roi à l'aide d'un nuage mortel. Persée survit au nuage : Hadès comprend qu'il a affaire à un demi-dieu et lui révèle l'identité de son vrai père. Hadès annonce que, dix jours plus tard, il lâchera le Kraken contre Argos, sauf si les habitants lui offrent en sacrifice Andromède. Puis il rend visite à Zeus sur l'Olympe et le persuade de lui laisser carte blanche pour punir l'insolence des humains.
Le roi Cépheus emprisonne Persée. Une jeune femme, Io, lui rend visite et se dit prête à lui venir en aide. Elle persuade Persée d'accepter de partir en quête d'un moyen de vaincre le Kraken, et Persée se joint à l'expédition menée par Draco. Tous se mettent en chemin vers le repaire des sorcières du Styx (nom donné aux Grées dans le film) dans l'espoir qu'elles connaîtront un moyen de terrasser le monstre, et sont rejoints en cours de route par des chasseurs de monstres. Pendant ce temps, le mari de Danaé, Acrisios, a été transformé par Zeus en un être difforme, et est condamné à une vie de reclus dans les marécages. Hadès va le trouver et lui offre son aide. Il projette de supplanter Zeus, en lui faisant croire qu'il agit à son service, alors que la libération du Kraken affaiblira Zeus tandis que la peur croissante des humains envers les dieux nourrit la puissance d'Hadès. Hadès confère à Acrisios des pouvoirs extraordinaires et le met sur la piste de Persée.
Sur le chemin du repaire des sorcières, Persée reçoit des dieux une épée merveilleuse, qu'il refuse d'utiliser. Io suit l'expédition et fait rencontrer Pégase à Persée. Mais ce dernier doit abandonner la clairière précipitamment lorsqu'Acrisios attaque le campement, massacrant plusieurs soldats. Acrisios est blessé et s'enfuit, mais son sang donne naissance à des scorpions monstrueux qui s'attaquent au groupe. La troupe est sur le point d'être débordée lorsque des djinns surviennent et pacifient les scorpions par magie. Les deux groupes, bien qu'habituellement ennemis, finissent par s'allier contre les maléfices d'Hadès, et l'expédition poursuit sa route.
Arrivée dans l'endroit appelé les Jardins du Styx, l'expédition interroge les trois sorcières du Styx, qui n'ont qu'un oeil pour trois. Elles réclament un sacrifice humain pour répondre, mais Persée leur dérobe l'oeil et les oblige à parler. Elles lui indiquent que le regard de Méduse peut pétrifier le Kraken. Persée va devoir se rendre aux Enfers pour en rapporter sa tête. Peu après, Persée rencontre brièvement Zeus sous forme humaine ; celui-ci lui donne une pièce d'or pour payer Charon, le passeur des Enfers. À l'entrée des Enfers, seule une poignée de soldats, dont Draco, Io, Eusabios et un djinn, acceptent de suivre Persée. Le petit groupe franchit le Styx sur la barque de Charon. Io elle-même ne peut pas pénétrer dans l'antre de Méduse, interdite aux femmes. L'affrontement contre Méduse coûte la vie à tous les compagnons de Persée, qui se sacrifient pour lui permettre de la tuer sans la regarder. Lorsque Persée revient à la surface et retrouve Io juste à temps pour voir Acrisios la tuer. Il doit utiliser l'épée divine pour vaincre enfin Acrisios. Io meurt, et Pégase arrive pour permettre à Persée d'être de retour à Argos avant l'expiration de l'ultimatum d'Hadès.
Zeus se rend compte que les manoeuvres d'Hadès l'ont affaibli et que le dieu infernal est en position de force. Hadès se rend à Argos pour libérer le Kraken et tuer Persée. Le Kraken surgit peu à peu des flots et panique la population. Andromède attend stoïquement son sort. Persée arrive, monté sur Pégase, et doit d'abord affronter un groupe de Harpies envoyé par Hadès, qui lui arrachent la tête de Méduse. Persée la récupère et la présente au Kraken, qui est changé en pierre. Hadès apparaît, mais Persée, aidé par les pouvoirs que lui insuffle Zeus, le renvoie de force dans le monde souterrain. Persée sauve ensuite Andromède de la noyade. Celle-ci l'invite à l'épouser et à régner sur Argos, mais Persée refuse et s'éloigne avec Pégase.