En 1944, la guerre d'Espagne est achevée depuis 5 ans et le pays est désormais sous la coupe de Franco. Les maquisards se terrent dans les montagnes. La jeune Ofelia suit sa mère, remariée avec le tyrannique et sanguinaire Vidal, capitaine de l'armée franquiste. Guidée par un étrange insecte qu'elle prend pour une fée, la jeune fille découvre au coeur d'un labyrinthe voisin de sa nouvelle maison un faune inquiétant. Il lui révèle qu'elle serait la princesse d'un monde souterrain égarée sur la Terre. Mais pour en être certain, et pour qu'elle puisse retrouver son vrai père et sa vraie mère, Ofelia devra réussir trois dangereuses épreuves que rien ne l'a préparée à affronter.