Alors que les X-Men sont à la poursuite d'un étrange mutant dénommé Kurt Wagner, qui s'est introduit dans le bureau ovale pour intimider le président des États-Unis, l'opinion publique leur est de plus en plus hostile. Parmi eux, un certain William Stryker, un militaire qui semble en savoir long sur le passé de Wolverine, kidnappe le professeur Xavier et dérobe le Cérébro, après avoir pris possession du manoir pendant que Tornade et Jean Grey recherchent Diablo (Kurt Wagner), le mutant-terroriste de la Maison Blanche, dont le pouvoir est de se téléporter où il le souhaite. Parmi les rescapés, on compte Malicia, Pyro, Iceberg, Wolverine et d'autres élèves qui se sont échappés par les différents couloirs de sortie. Les X-Men font alors alliance avec Magnéto et Mystique et se rendent à Alkali-Lake où se trouve Stryker qui, grâce à son fils Jason, communément appelé le mutant 143, contrôle les pouvoirs du professeur Xavier et lui commande de tuer tous les mutants de la planète, mais Magnéto retrouve à temps Xavier dans la base militaire et inverse les paramètres du Cérébro pour que la cible soit les humains ordinaires. Les X-men parviennent à l'arrêter mais la base commence peu à peu à s'écrouler à cause des fissures provoquées par Cyclope et Jean Grey lors de leur affrontement.

Suite au début de l'engloutissement de la base d'Alkali-Lake, Jean Grey descend du jet et grâce à ses pouvoirs télékinétiques fait barrage à l'eau et démarre l'avion. Cette hypothétique mort affectera fortement Cyclope et Wolverine. Par la suite, le président des États-Unis obtient la vérité sur les intentions de Stryker et réalise les avantages d'une paix avec les mutants. Mais les X-men auront encore à retourner à Alkali-Lake...